Der Verein wurde als Netzwerk im Januar 2007 gegründet. Ziel war es, Nachwuchsforscher:innen unterschiedlicher Disziplinen, die sich wissenschaftlich mit den Themen Extremismus und Terrorismus auseinandersetzen, in Verbindung zu bringen. Es wurde beschlossen, regelmäßige Arbeitstreffen für junge WissenschaftlerInnen in Form von Workshops zu organisieren, eine Mailingliste einzurichten und eine Webseite aufzubauen, die im Februar 2007 online ging. Die Mailingliste des NTF zählt inzwischen knapp 500 Mitglieder, von denen ein Großteil im wissenschaftlichen Bereich tätig ist, während einige Mitglieder auch der Wirtschaft, staatlichen Institutionen und den Medien zuzuordnen sind.
Im Juni 2007 fand der erste Workshop an der Humboldt-Universität (HU) zu Berlin statt. 2009 wurde das Netzwerk Terrorismusforschung als Interessengemeinschaft konstituiert. Im März 2013 wurde die Interessengemeinschaft aufgelöst und der Verein gegründet.